Com a finalidade de assegurar a presença do Governo brasileiro em organismos internacionais de caráter científico, tecnológico ou de inovação, o CNPq é atualmente signatário brasileiro dos seguintes organismos, sendo responsável pelo pagamento de cotas contributivas:
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| Nome | Criação | Sede |
| CODATA | Committee on Data for Science and Technology | 1966 | Paris, França |
| ICSU | International Council of Scientific Unions | 1931 | Bruxelas, Bélgica |
| IFS | International Foundation for Science | 1972 | Estocolmo, Suécia |
| RELAB | Rede Latino-Americana de Ciências Biológicas | 1975 | Santiago, Chile |
| SCAR | Scientific Committee on Antarctic Research | 1958 | Cambridge, Reino Unido |
| SCOR | Scientific Committee on Oceanic Research | 1957 | Não há |
| TIPS | Technological Information Pilot System | 1986 | Roma, Itália |
