A Auditoria Interna, órgão de controle interno do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, subordinada diretamente ao Presidente do CNPq é dirigida pelo Auditor-Chefe.

A Auditoria Interna atua de forma independente, tendo por base as atribuições, os planos, as metas, os objetivos e as políticas definidas no CNPq, abrangendo as atividades, os programas, as operações e os controles existentes. Além disso, auxilia na realização dos objetivos delineados pelo CNPq a partir da aplicação de uma abordagem sistemática e disciplinada para avaliar e melhorar a eficácia dos processos de governança, gestão de riscos e controle.

Por força do Decreto nº 3.591, de 6/9/2000, que dispõe sobre o Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, a Auditoria Interna está sujeita à orientação normativa do Ministério da Transparência, Fiscalização e Controladoria-Geral da União (CGU). O Plano Anual de Auditoria Interna (PAINT) e o Relatório Anual de Atividades da Auditoria Interna (RAINT) do CNPq seguem o previsto na Instrução Normativa nº 24, de 17 de novembro de 2015, da Controladoria-Geral da União.

Neste espaço são disponibilizados os dois principais documentos que tratam dos trabalhos desenvolvidos durante o ano pela Auditoria Interna do CNPq: o Plano Anual de Auditoria Interna (PAINT) e o Relatório Anual das Atividades da Auditoria Interna (RAINT).

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O PAINT contém o planejamento das atividades e a programação dos trabalhos de auditoria interna para determinado exercício. O Plano, contendo o planejamento para o ano seguinte, é emitido em outubro e deve ser aprovado pelo Presidente do CNPq até o fim de cada exercício.

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Já o RAINT contém relatos sobre a execução das atividades de auditoria interna em função das ações planejadas no PAINT de determinado exercício. Contempla, também, informações de ações não planejadas. Esse Relatório é emitido em janeiro de cada ano e contempla as análises das atividades desenvolvidas no exercício anterior.